基于高通量测序对引起苹果外观异常病原的鉴定

doi:10.6048/j.issn.1001-4330.2023.01.019

新疆农业科学 ›› 2023, Vol. 60 ›› Issue (1): 171-177.DOI: 10.6048/j.issn.1001-4330.2023.01.019

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基于高通量测序对引起苹果外观异常病原的鉴定

李春艳(), 刘芳婷, 张王斌()

塔里木大学/南疆农业有害生物综合治理兵团重点实验室/农业农村部阿拉尔作物有害生物科学观测实验站,新疆阿拉尔 843300

收稿日期:2022-05-13 出版日期:2023-01-20 发布日期:2023-03-07
通信作者: 张王斌(1974-),男,陕西澄城人,教授,硕士,硕士生导师,研究方向为植物病理学,(E-mail)zwbzky@163.com
作者简介:李春艳(1992-),女,河南驻马店人,硕士研究生,研究方向为植物病理学,(E-mail)387863197@qq.com
基金资助:
国家自然科学基金(31660034);第一师科技局农业项目(2019NY08);重点领域科技攻关计划(2018AB038)

Identification of Pathogens Causing the Abnormal Appearance of Apples in Alar Based on High-Throughput Sequencing Technology

LI Chunyan(), LIU Fangting, ZHANG Wangbin()

Key Laboratory of Xinjiang Production and Construction Corps in Comprehensive Agricultural Pest Management in Southern Xinjiang/Scientific Observing and Experimental Station of Crop Pests in Alar, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Tarim University,Alar Xinjiang 843300,China

Received:2022-05-13 Online:2023-01-20 Published:2023-03-07
Correspondence author: ZHANG Wangbin(1974-), Male, from Chengcheng, Shaanxi Province, associate professor, master's degree, majoring in plant pathology, (E-mail)zwbzky@163.com
Supported by:
National Natural Science Foundation of China(31660034);Agricultural Project of science and Technology Bureau of the First Division(2019NY08);Tackling Scientific and Technical Problems in Key Ares of XPCC(2018AB038)

摘要/Abstract

摘要：

【目的】研究引起新疆阿拉尔苹果外观异常病原的种类、发病类型及严重程度,为防治此类病害提供理论依据。【方法】在新疆阿拉尔六团一连采用实地调查采样,分类描述苹果外观异常;用五点取样法调查发病区发病率、发病品种等;采用高通量基因测序技术分析其病原病毒分子生物学。【结果】苹果外观异常平均发病率为70.45%。田间症状主要有果实畸形型、锈果型、着色异常型三种类型。主要病毒有苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV),苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,ApMV)和苹果绿皱果病毒(Apple green crinkle virus,AgrCV)5种类型,在不同品种中病毒种类存在差异。【结论】阿拉尔苹果外观异常病毒病发生较为严重且呈多种病毒混合发生,其引起的症状与苹果锈果类病毒病症状相似。

关键词: 苹果; 病毒病; 症状; 高通量测序

Abstract:

【Objective】 To clarify the pathogenic types and severity of the abnormal appearance of Apples in Alar in the hope of providing a theoretical basis for the prevention and treatment of the disease. 【Method】 In Alar in Xinjiang in this study, the occurrence of apple appearance abnormalities was investigated by five-point sampling method in the field, and the types of symptoms in the field were observed and recorded, and the pathogenic viruses were analyzed in molecular biology by high-throughput gene sequencing technology. 【Result】 The investigation showed that the incidence of a disease in the Company 1 of the Sixth regiment was up to 70.45%.There were three types of field symptoms: malformation, rust fruit and coloring abnormality.The high-throughput sequencing results showed that there were 5 types of virus: apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), apple stem pitting virus(ASPV), apple stem grooving virus(ASGV), apple mosaic virus(ApMV) and apple green crinkle virus(AgrCV), and the virus types were different among different varieties. 【Conclusion】 The virus disease of abnormal appearance of apples in Alar is serious, which is widely distributed and occurs with a mixture of various viruses, among which the symptoms caused by a mixture of various viruses are similar to the symptoms of apple scar skin viroid.

Key words: apple; virus disease; symptoms; high-throughput sequencing

中图分类号:

S661.1

李春艳, 刘芳婷, 张王斌. 基于高通量测序对引起苹果外观异常病原的鉴定[J]. 新疆农业科学, 2023, 60(1): 171-177.

LI Chunyan, LIU Fangting, ZHANG Wangbin. Identification of Pathogens Causing the Abnormal Appearance of Apples in Alar Based on High-Throughput Sequencing Technology[J]. Xinjiang Agricultural Sciences, 2023, 60(1): 171-177.

图/表 10

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编号 Number	寄主 Host	品种 Variety	采集部位 To collect parts	症状表现 Symptoms
DZFS-1	苹果	短枝富士	果实	果实花脸
WL-1	苹果	王林	果实	果实畸形
XSJ-1	苹果	新世纪	果实	果实裂果
DZFS-2	苹果	短枝富士	枝条	无明显症状
WL-2	苹果	王林	枝条	无明显症状
XSJ-2	苹果	新世纪	枝条	无明显症状

编号 Number	寄主 Host	品种 Variety	采集部位 To collect parts	症状表现 Symptoms
DZFS-1	苹果	短枝富士	果实	果实花脸
WL-1	苹果	王林	果实	果实畸形
XSJ-1	苹果	新世纪	果实	果实裂果
DZFS-2	苹果	短枝富士	枝条	无明显症状
WL-2	苹果	王林	枝条	无明显症状
XSJ-2	苹果	新世纪	枝条	无明显症状

名称 Name	面积 Area (667m²)	果园个数 Number of orchard	果园品种 Variety
西一垄 West One ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪
西二垄 West Second ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪
西三垄 West three ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪
西四垄 West Fourth ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪

名称 Name	面积 Area (667m²)	果园个数 Number of orchard	果园品种 Variety
西一垄 West One ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪
西二垄 West Second ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪
西三垄 West three ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪
西四垄 West Fourth ridge	200	5	短枝富士、王林、新世纪

分离株 Isolate	GenBank 登录号 GenBank accession	来源 Source	全长 Overall length(nt)
AgrCV	HE963831	加拿大	9 266
AgrCV	LC476839	韩国	5 573
AgrCV	KT835289	意大利	9 266
ASGV	KJ579253	中国	6 495
ASGV	MN131071	美国	5 738
ASGV	LC475148	韩国	6 480
ASGV	MK929792	巴西	6 475
ASGV	MK599422	中国	6 496
ASGV	KX668488	巴西	6 495
ASGV	LT160740	印度	6 458
ASGV	KV947036	中国	6 509
ASGV	JQ308181	中国	6 495
ASPV	AB045371	日本	9 293
ASPV	KF319056	德国	9 284
ASPV	KU308398	中国	9 270
ASPV	FR694186	印度	9 267
ACLSV	M58152	-	7 555
ACLSV	AJ243438	德国	7 545
ACLSV	AB326224	日本	7 553
ACLSV	MK929794	巴西	7 511
ACLSV	MK929796	巴西	7 521
ApMV	AF174584	美国	3 476
ApMV	HE574162	印度	3 476
ApMV	KY883318	澳大利亚	3 435
ApMV	KY965060	加拿大	3 328
ApMV	KY965059	加拿大	3 477

基于高通量测序对引起苹果外观异常病原的鉴定

Identification of Pathogens Causing the Abnormal Appearance of Apples in Alar Based on High-Throughput Sequencing Technology

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品种 Variety	症状 Symptoms	发病率 Incidence rate(%)
王林 Wang Lin	畸形	(74.50±5.97)^a
短枝富士 Short Branch Fuji	着色异常、裂果	(70.50±7.98)^ab
新世纪 New Century	裂果	(63.50±8.40)^b

果园编号 Orchard number	发病率 Incidence rate(%)
西一垄 West One ridge	(83.20±5.40)^a
西二垄 West Second ridge	(78.20±3.16)^ab
西三垄 West three ridge	(73.20±4.14)^b
西四垄 West Fourth ridge	(47.20±8.67)^c

品种 Variety	病毒种类(种) Virus species (species)
王林 Wang Lin	苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果绿皱果病毒(AgrCV)、苹果花叶病毒(ApMV)
短枝富士 Short Branch Fuji	苹果绿皱果病毒(AgrCV)、苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果茎沟病毒(ASGV)
新世纪 New Century	苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果绿皱果病毒(AgrCV)

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