核桃早实性相关SCAR标记(1-1500)基因末端序列的克隆

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核桃早实性相关SCAR标记(1-1500)基因末端序列的克隆

朱天丁;牛建新;叶春秀;刘娜;张飞

石河子大学农学院园艺系,新疆,石河子,832003

收稿日期:2011-03-25 修回日期:2011-03-25 出版日期:2011-03-25 发布日期:2011-03-25

Cloning of the Terminal Sequence of the SCAR Marker(1-1500) that Linked to Early-bearing Genes in Walnut

ZHU Tian-ding;NIU Jian-xin;YE Chun-xiu;LIU Na;ZHANG Fei

Received:2011-03-25 Revised:2011-03-25 Online:2011-03-25 Published:2011-03-25

摘要/Abstract

摘要： [目的]克隆SCAR标记的核桃早实性相关基因片段[1](AFLP早实分子标记转化成的SCAR标记)的末端序列,为验证其功能和早实核桃分子育种奠定基础.[方法]采用RACE技术对SCARE标记的核桃早实性相关基因片段设计特异性PCR引物,并扩增其末端序列.[结果]分别获得了长度为453 bp和463 bp的片段,通过与NCBI核酸数据库中已经发表的序列进行比对分析,发现该基因3'末端含有358个核苷酸非编码序列.其核酸序列与葡萄假定蛋白相应部位同源性为55.26;,与葡萄重叠群相应部位同源性为38.38;,与线虫枯粒Y38F2AR基因全序列相应部位相似性为40.86;,和野猪免疫球蛋白超家族成员相应部位的相似性为39.75;,具有poly(A)尾.5'末端含有248个核苷酸非编码序列,其核酸序列与葡萄重叠群基因组鸟枪全序列相应部位同源性为39.07;,与拟南芥基因组DNA 3号染色体相应部位的同源性为42.22;,与嗜热四膜虫假定蛋白基因序列相应部位相似性为44.53;,和斑马鱼DNA序列DKEY-120E17克隆2号连锁群全序列相应部位相似性为42.30;.[结论]试验采用的3'和5'末端快速扩增技术(3'RACE和5'RACE技术)能很好地扩增核桃早实性相关基因的末端序列.

朱天丁;牛建新;叶春秀;刘娜;张飞. 核桃早实性相关SCAR标记(1-1500)基因末端序列的克隆[J]. .

ZHU Tian-ding;NIU Jian-xin;YE Chun-xiu;LIU Na;ZHANG Fei. Cloning of the Terminal Sequence of the SCAR Marker(1-1500) that Linked to Early-bearing Genes in Walnut[J]. .